Sokogun nace con la idea de resucitar los puzzles característicos del juego de 1984 Sokoban (Imabayashi, H.), en el que se deben desplazar las cajas de un almacén para colocarlas en determinadas posiciones y así superar el nivel.

Para ello, se recupera esa mecánica principal y se decide acelerar el ritmo del juego con un movimiento más rápido e introducir oleadas de enemigos, propios del género Shoot ’em up. Los espacios son más amplios para permitir un movimiento libre y comodidad en los tiroteos.

Por último, el juego apuesta por apoyar su gameplay en una experiencia de cooperativo local de dos jugadores, donde es imprescindible trabajar en equipo, ya que cada jugador o personaje tiene unas habilidades especiales únicas. Pese a ello, es posible superar el juego siendo un solo jugador.