System of Souls es un juego en primera persona de puzzles y plataformas. A lo largo de una serie de pruebas, L-064N irá descubriendo de la mano de Aura (una IA superdesarrollada), las instalaciones de neurotecnología ION y los acontecimientos que le han llevado a su situación actual. La historia parece encaminada a una explicación sencilla, pero el jugador podrá ir descubriendo poco a poco las sensaciones y experiencias de otros seres robóticos como él, los cuales sembrarán un camino de dudas sobre si todo es como le han hecho creer.